Input file untuk Lammps

 Penjelasan tentang input file di Lammps. Pada dasar nya input file di Lammps memiliki struktur yang terdiri dari 5 blok utama. Yaitu:

1. Initialization (Inisialisasi) Menentukan aturan dasar simulasi sebelum ada atom yang dimasukkan.

• units: Menentukan sistem satuan (misal: lj tanpa dimensi, metal untuk Ångström/eV/picosecond, real untuk Ångström/kcal/mol/femtosecond). Wajib ditulis paling awal!

• atom_style: Menentukan atribut apa saja yang dimiliki atom (misal: atomic untuk koordinat saja, charge untuk koordinat + muatan listrik, full untuk ikatan molekul kompleks).

• dimension: Mengatur ruang simulasi (2 atau 3).

2. System Definition (Definisi Sistem) Tahap memasukkan atau membuat atom di dalam ruang simulasi.

• Buat langsung: Menggunakan kombinasi lattice (struktur kristal), region (ukuran batas ruang), create_box, dan create_atoms.

• Impor file eksternal: Menggunakan perintah read_data file.data untuk membaca koordinat dari software luar (seperti ASE, PACKMOL, atau VESTA).

3. Simulation Settings (Interaksi Potensial) Menentukan medan gaya (force field) atau hukum fisika/kimia antar-atom.

• pair_style: Formula potensial interaksi (misal: lj/cut untuk Van der Waals, eam untuk logam, tersoff untuk semikonduktor/karbon).

• pair_coeff: Nilai parameter fisik untuk potensial antar tipe atom.

• mass: Menentukan massa untuk tiap tipe atom.

4. Fixes & Computes (Dinamika & Pengukuran) Mengatur kontrol fisik dan perhitungan data eksperimen.

• velocity: Memberikan kecepatan awal pada atom berdasarkan distribusi temperatur acak.

• fix: Perintah wajib untuk mengontrol integrasi waktu dan ensemble termodinamika (misal: fix ... nvt untuk mengontrol temperatur, atau fix ... npt untuk mengontrol temperatur dan tekanan).

• compute: Menghitung data spesifik saat simulasi berjalan (misal: Mean Squared Displacement untuk difusi, atau stress tensor untuk tekanan lokal).

5. Output & Execution (Eksekusi & Cetak Data) Menentukan data apa yang disimpan dan durasi simulasi.

• thermo: Frekuensi pencetakan data termodinamika (energi, temperatur, tekanan) ke terminal dan file log.lammps.

• dump: Menyimpan trajektori visualisasi atom ke dalam file (seperti .lammpstrj) yang nantinya dibuka di OVITO.

• timestep: Ukuran integrasi waktu per langkah (misalnya 0.001 picosecond untuk units metal).

• run: Menjalankan simulasi sebanyak jumlah step yang ditentukan.