Penjelasan tentang input file di Lammps. Pada dasar nya input file di Lammps memiliki struktur yang terdiri dari 5 blok utama. Yaitu: 1. Initialization (Inisialisasi) Menentukan aturan dasar simulasi sebelum ada atom yang dimasukkan. units : Menentukan sistem satuan (misal: lj tanpa dimensi, metal untuk Ångström/eV/picosecond, real untuk Ångström/kcal/mol/femtosecond). Wajib ditulis paling awal! atom_style : Menentukan atribut apa saja yang dimiliki atom (misal: atomic untuk koordinat saja, charge untuk koordinat + muatan listrik, full untuk ikatan molekul kompleks). dimension : Mengatur ruang simulasi ( 2 atau 3 ). 2. System Definition (Definisi Sistem) Tahap memasukkan atau membuat atom di dalam ruang simulasi. Buat langsung: Menggunakan kombinasi lattice (struktur kristal), region (ukuran batas ruang), create_box , dan create_atoms . Impor file eksternal: Menggunakan perintah read_data file.data untuk membaca koordinat dari software luar (seperti ASE, PACKMOL, ata...
Pengguna HPC memiliki kebiasaan menggunakan Sun Grid Engine (SGE), ada juga madzhab yang menggunakan SLURM Workload Manager. Pengguna yang terbiasa menggunakan SGE biasanya bingung ketika mesin nya berubah menggunakan SLURM. Di sini akan ditulis semacam transliterasi menggunakan SGE ke SLURM untuk memudahkan pengguna mencari padanan perintah di SGE ke SLURM. Perintah dasar yang sering digunakan Command Fungsi Utama Contoh Penggunaan sbatch Memasukkan script job (batch) ke dalam antrean sbatch jalankan_ai.sh squeue Melihat daftar job yang sedang berjalan atau mengantre squeue -u nama_user scancel Membatalkan atau menghentikan job yang sedang berjalan/mengantre scancel 12345 (12345 = ID Job) sinfo Melihat status komputer/node (apakah sedang dipakai atau bebas) sinfo srun Menjalankan program secara langsung (interaktif/real-time) srun --pty bash sacct Melihat riwayat dan detail job yang sudah selesai sacct -j 12345 2. Opsi Tambahan yang Berguna (Modifikator) Berikut adalah beberapa ...