Langsung ke konten utama

Postingan

Lammps Tutorial | 1 LJ fluid

  Dasar-Dasar Utama LAMMPS Melalui Contoh Sederhana Tujuan dari tutorial ini adalah untuk menjalankan simulasi Dinamika Molekuler (MD) sederhana menggunakan LAMMPS. Sistem yang digunakan berupa cairan Lennard-Jones—yaitu kumpulan partikel netral dengan dua ukuran diameter berbeda—yang berada di dalam kotak kubus berbatas periodik (sistem tertutup yang berulang/tanpa batas dinding). Pada tutorial ini, Anda akan menjalankan simulasi dasar pada kondisi ensambel NVE (jumlah partikel, volume, dan energi tetap) serta NVT (jumlah partikel, volume, dan suhu tetap), lalu menghitung besaran-besaran dasar seperti energi potensial dan energi kinetik. Membuat input file Untuk menjalankan simulasi menggunakan LAMMPS, Anda perlu menulis script input yang berisi serangkaian perintah untuk dijalankan oleh LAMMPS, mirip seperti perintah pada script Python atau Bash. Agar lebih mudah dipahami, script input pada tutorial ini dibagi menjadi lima bagian yang akan diisi secara bertahap. Untuk memulai ...
Postingan terbaru

Latex online editor

 Bagi pecinta Latex, sekarang sudah banyak editor dan compiler online yang tersedia secara gratis. Diantaranya adalah: Overleaf: https://www.overleaf.com/ Prism by Open AI: https://prism.openai.com/ Texpage: https://www.texpage.com/ Papeeria: https://papeeria.com/ sarmate: https://www.sarmate.net/ Latex Sharif: https://latex.sharif.edu/ Semua web tersebut menawarkan opsi gratis dan berbayar. Tentu saja opsi gratis yang ditawarkan memiliki batasan. Sehingga kita harus pintar dalam memilih. 

Menghapus sistem data di Macbook

 Jengkel kan ketika tiba-tiba kapasitas HD di Macbook anda penuh? Biasanya penuh nya bukan gara-gara dokumen penting, tapi malah sistem data. Langsung kita hapus!!! Cara Membersihkan Cache Sistem Buka aplikasi Finder di Mac Anda. Pada bar menu di atas, klik Go > Go to Folder... (atau tekan shortcut Command + Shift + G ). Ketik ~/Library/Caches lalu tekan Enter . Pilih file atau folder di dalam folder Caches yang memakan banyak ruang, lalu tekan Command + Delete untuk memindahkannya ke Sampah ( Trash ). Kosongkan Trash ( Empty Trash ) dengan klik kanan ikon sampah di Dock.   Lihat ini juga bisa link

Input file untuk Lammps

 Penjelasan tentang input file di Lammps. Pada dasar nya input file di Lammps memiliki struktur yang terdiri dari 5 blok utama. Yaitu: 1. Initialization (Inisialisasi) Menentukan aturan dasar simulasi sebelum ada atom yang dimasukkan. units : Menentukan sistem satuan (misal: lj tanpa dimensi, metal untuk Ångström/eV/picosecond, real untuk Ångström/kcal/mol/femtosecond). Wajib ditulis paling awal! atom_style : Menentukan atribut apa saja yang dimiliki atom (misal: atomic untuk koordinat saja, charge untuk koordinat + muatan listrik, full untuk ikatan molekul kompleks). dimension : Mengatur ruang simulasi ( 2 atau 3 ). 2. System Definition (Definisi Sistem) Tahap memasukkan atau membuat atom di dalam ruang simulasi. Buat langsung: Menggunakan kombinasi lattice (struktur kristal), region (ukuran batas ruang), create_box , dan create_atoms . Impor file eksternal: Menggunakan perintah read_data file.data untuk membaca koordinat dari software luar (seperti ASE, PACKMOL, ata...

Panduan singkat menggunakan Slurm

Pengguna HPC memiliki kebiasaan menggunakan Sun Grid Engine (SGE), ada juga madzhab yang menggunakan SLURM Workload Manager.  Pengguna yang terbiasa menggunakan SGE biasanya bingung ketika mesin nya berubah menggunakan SLURM. Di sini akan ditulis semacam transliterasi menggunakan SGE ke SLURM untuk memudahkan pengguna mencari padanan perintah di SGE ke SLURM. Perintah dasar yang sering digunakan Command Fungsi Utama Contoh Penggunaan sbatch Memasukkan script job (batch) ke dalam antrean sbatch jalankan_ai.sh squeue Melihat daftar job yang sedang berjalan atau mengantre squeue -u nama_user scancel Membatalkan atau menghentikan job yang sedang berjalan/mengantre scancel 12345 (12345 = ID Job) sinfo Melihat status komputer/node (apakah sedang dipakai atau bebas) sinfo srun Menjalankan program secara langsung (interaktif/real-time) srun --pty bash sacct Melihat riwayat dan detail job yang sudah selesai sacct -j 12345 2. Opsi Tambahan yang Berguna (Modifikator) Berikut adalah beberapa ...